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pwmat:module:structure

物质结构

晶体/表面结构搜索

仅知道化学组分不知道结构/高温高压的亚相/界面结构/吸附结构:
  1. CALYPSO: 粒子群算法进行结构搜索
  2. USPEX: 以进化算法为主,支持多种预测算法

提供PWmat接口

表面吸附(给定原子数)的金属团簇/分子(显式溶剂)/两种材料的界面:
  1. GA 基因遗传算法搜索表面的结构,常用于表面催化(自主研发)

无序结构(一)

  1. Disorder: 根据对称性产生不可约的无序掺杂构型,可助力高通量计算,可用于
比较不同位点的原子替换的能量(例如LPS固态电解质不同S的氧化)
随机移除原子某原子之后的能量变化(例如锂电池脱锂/注锂)

无序结构(二)

  1. ATAT: 根据SQS算法直接生成一个对关联能最低的结构
多元素、高浓度掺杂
实验测得同一位点可能由不同元素占据

无序结构(三)

  1. VCR(57): 用平均效应模拟整体性质
不使用超胞和元素替换,减少计算量
有时可以得到较好的晶格常数等性质

分子动力学数据处理(一)

  1. Rings(37): MOVEMENT转xyz再交给rings后处理
径向分布函数g®
均方位移(MSD)
结构因子S(q)以及相关中子散射/XRD结构
键长、键角、二面角、活性链/环等

分子动力学数据处理(二)

  1. PLUMED(48): 在基础的数据处理上,加上了元动力学辅助增强采样
基础:键长/键角/扭转,RMSD,自由能
引入偏置势能,提高集体变量的采样效率
自由能面,高效逃出局域最小,模拟含有小概率事件的MD

CIF文件转换与结构处理

  1. Cif2cell(9): cif转化为atom.config,从cif直接建立超胞/表面
cif文件与atom.config文件相互转化(但是得到的是原胞)
直接由cif建立超胞的atom.config
直接由cif建立表面的atom.config

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pwmat/module/structure.txt · 最后更改: 2024/02/06 17:05 由 pengge