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===== 物质结构 =====

==== 晶体/表面结构搜索 ====

> 仅知道化学组分不知道结构/高温高压的亚相/界面结构/吸附结构：

<WRAP center round todo>
  - CALYPSO: 粒子群算法进行结构搜索
  - USPEX:   以进化算法为主，支持多种预测算法
<wrap center round box>提供PWmat接口</wrap>
</WRAP>

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> 表面吸附（给定原子数）的金属团簇/分子（显式溶剂）/两种材料的界面：

<WRAP center round todo>
  - GA 基因遗传算法搜索表面的结构，常用于表面催化（自主研发）
</WRAP>

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==== 无序结构（一） ====

<WRAP center round todo>
  - **Disorder: 根据对称性产生不可约的无序掺杂构型，可助力高通量计算，可用于**

> 比较不同位点的原子替换的能量（例如LPS固态电解质不同S的氧化）
> 随机移除原子某原子之后的能量变化（例如锂电池脱锂/注锂）
</WRAP>

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==== 无序结构（二） ====

<WRAP center round todo>
  - **ATAT: 根据SQS算法直接生成一个对关联能最低的结构**

> 多元素、高浓度掺杂
> 实验测得同一位点可能由不同元素占据
</WRAP>

{{:pwmat:module:pasted:20240206-165814.png}}

==== 无序结构（三） ====

<WRAP center round todo>
  - **VCR(57): 用平均效应模拟整体性质**

> 不使用超胞和元素替换，减少计算量
> 有时可以得到较好的晶格常数等性质
</WRAP>

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==== 分子动力学数据处理（一） ====

<WRAP center round todo>
  - **Rings(37): MOVEMENT转xyz再交给rings后处理**

> 径向分布函数g(r)
> 均方位移（MSD）
> 结构因子S(q)以及相关中子散射/XRD结构
> 键长、键角、二面角、活性链/环等
</WRAP>

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==== 分子动力学数据处理（二） ====

<WRAP center round todo>
  - **PLUMED(48): 在基础的数据处理上，加上了元动力学辅助增强采样**

> 基础：键长/键角/扭转，RMSD，自由能
> 引入偏置势能，提高集体变量的采样效率
> 自由能面，高效逃出局域最小，模拟含有小概率事件的MD
</WRAP>

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==== CIF文件转换与结构处理 ====

<WRAP center round todo>
  - **Cif2cell(9): cif转化为atom.config，从cif直接建立超胞/表面**

> cif文件与atom.config文件相互转化（但是得到的是原胞）
> 直接由cif建立超胞的atom.config
> 直接由cif建立表面的atom.config
</WRAP>
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