mcloud 龙讯云平台软件使用2 🗄️

FEP系列软件使用

fep 使用

module load fep/fep/1.2.1
FESetup -h

Alchemical-analysis 使用

source /share/app/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate py27
module load fep/alchemical_analysis/alchemical_analysis
alchemical_analysis.py -h

PyAutoFEP 和 PDB2PQR 使用

source /share/app/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate PyAutoFEP
module load fep/pyautofep/pyautofep

generate_perturbation_map.py -h
prepare_dual_topology.py -h
analyze_results.py -h
pdb2pqr30 -h

gromacs使用

### 带 mpi 版本
module load gromacs/2022.1
module load mkl/latest compiler/latest mpi/latest

gmx_mpi

# 不带 mpi 版本
module load gromacs_nompi/2022.1

gmx