github 地址

pwkit_env.tar.gz 下载

intel版本：https://www.jianguoyun.com/p/DfhQFx8Q_qS-CxifgfwEIAA，提取码为 lxkt

pwkit-2.0.tar.gz 下载

https://github.com/LonxunQuantum/pwkit/archive/refs/tags/v2.0.tar.gz

pwkit_20240423.tgz 同时包含了 pwkit 和 pwkit_env

链接：https://pan.baidu.com/s/1S8rX5qmeeTRW8Qmx_WtMzg?pwd=lxkt
提取码：lxkt

pwkit_env 是 pwkit 运行环境

pwkit_env 是一个 conda 环境, 有着特定的 python 版本和库

安装

mkdir -p /share/app/pwkit/pwkit_env
tar -xzf pwkit_env.tar.gz -C /share/app/pwkit/pwkit_env

解压即安装

tar -zxf pwkit-v2.0.tar.gz -C /share/app/pwkit/

必须配置 PWKIT_ROOT 和 PATH 环境变量

PWKIT_ROOT 配置为 pwkit 安装的目录

如下所示

export PWKIT_ROOT=/share/app/pwkit/pwkit-2.0
PATH=${PWKIT_ROOT}/bin:$PATH

这里是给 pwkit 设置正常的 python 环境

即第一步安装的 pwkit_env

我们的 pwkit_env 环境里的 python 路径为 /share/app/pwkit/pwkit_env/bin/python3

这里只需要修改 PYTHON_PATH 为正常的路径即可

忽略 CONDA_PATH 环境变量, 不用管它, 或者注释起来

cd /share/app/pwkit/pwkit-2.0/
vim pwkit.cfg
 
PYTHON_PATH="/share/app/pwkit/pwkit_env/bin/python3"

cat pwkit.cfg
# 可选的值:  cn 或 en
glanguage=cn
# 日志文件路径 tlog=$PWKIT_ROOT/pwkit.log
glog=$HOME/.local/pwkit/pwkit.log
 
# SG15 赝势的路径
SG15_DIR_PATH=$PWKIT_ROOT/PseudoPotential/NCPP-SG15-PBE
# PD04 赝势的路径
PD04_DIR_PATH=$PWKIT_ROOT/PseudoPotential/NCPP-PD04-PBE
 
# CONDA_PATH: 软件会提供这个conda环境，并且需要手动安装 pflow
## 1.1. For MCloud2 to use
#CONDA_PATH="/share/app/anaconda3"
PYTHON_PATH="/share/app/pwkit/pwkit_env/bin/python3"
## 1.2. For liuhanyu to test
#CONDA_PATH="/data/home/liuhanyu/anaconda3"
#PYTHON_PATH="${CONDA_PATH}/envs/pwkit_env/bin/python3"

我们要确保环境变量生效了
下面的两种方法, 或者其它的方法

source ~/.bashrc
或
module load pwkit

检查环境变量

echo $PWKIT_ROOT
/share/app/pwkit/pwkit-2.0

如果正常输出 pwkit 安装路径, 即配置环境生效了

[pengge@mstation ~]$ pwkit
/share/app/pwkit/pwkit-2.0/bin/pwkit: line 15: /etc/profile.d/conda.sh: No such file or directory
/share/app/pwkit/pwkit-2.0/bin/pwkit: line 16: conda: command not found
                               _
 _ ____      ___ __ ___   __ _| |_
| '_ \ \ /\ / / '_ ` _ \ / _` | __|  website: http://www.lonxun.com
| |_) \ V  V /| | | | | | (_| | |_   v1.0.0
| .__/ \_/\_/ |_| |_| |_|\__,_|\__|  PWkit Usage: http://doc.lonxun.com/PWkit/PWkit.html
|_|
 
======================================= Generator ========================================
 g) 进入 Input Generator 模块
 为 PWmat 生成输入文件。
 
========================================= Module =========================================
 m) Module 功能简介
 在PWmat的基础功能上, 我们针对用户的使用需求开发了一些顶层模块(MODULE)。
 这些MODULE中的一部分是与已有的优秀工具的接口, 一部分是以PWmat的计算结果为基础得
到实际需要的物理量, 一部分则是为特定的计算需求而设计的计算流程。这些MODULE涵盖了
物质结构, 基础性质, 针对大体系的计算以及机器学习力场等, 功能全面。
 
======================================== Utility =========================================
 u) 进入 Utility
 为了方便用户进行计算的前、后处理, PWmat安装包内附带了一系列实用程序。通过这些程
序, 我们可以实现PWmat结构文件和其他常见晶体结构文件之间的相互转换、处理数据得到
可视化电荷密度、能带结构图、投影态密度、真空能级等操作。
 
 q)  退出
 ------------>>

解决方法

报错的地方是在 mcloud 云平台上使用的

注释掉报错的行即可, 对运行没有影响

vim /share/app/pwkit/pwkit-2.0/bin/pwkit
 
# 3. 激活 pwkit 所需要的环境(conda、环境变量)
#source ${CONDA_PATH}/etc/profile.d/conda.sh
#conda activate pwkit    ### for mcloud2
#conda activate pwkit_env    ### for test

一旦运行 pwkit 后, 就不在使用 pwkit 安装包里的 pwkit.cfg 配置文件

而是每个用户有自己独立的配置文件, 路径为 ~/.local/pwkit/

我们可以直接修改自己家目录下的 ~/.local/pwkit/pwkit.cfg

也可以直接删除 ~/.local/pwkit/ 目录,

这样下次运行 pwkit 时, 会自动产生 ~/.local/pwkit/

此时的 ~/.local/pwkit/pwkit.cfg 即为 /share/app/pwkit/pwkit-2.0/pwkit.cfg