qflow:cmd

差别

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--- qflow:cmd [2026/07/03 16:48] – [qflow 容器版命令行提交] fcm
+++ qflow:cmd [2026/07/21 18:31] (当前版本) – [2. 计算案例example01] fcm
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 ====== qflow 容器版命令行提交 ======
-通过 ssh 终端 (常见的有 xshell, mobaxterm) 登录到容器里, [[qflow:quickstart_gpu#对容器登录、上传下载|用 pwmat 登录容器]]
+===== 1. 登录终端 =====
-使用方法跟 mcloud, mstation, mcluster, qstation 类似
+ 通过 ssh 终端 (常见的有 xshell, mobaxterm) 登录到容器里, [[qflow:quickstart_gpu#对容器登录、上传下载|用 pwmat 登录容器]]
+===== 2. 计算案例example01 =====
+（1）准备输入文件
+ * 结构文件 ''atom.config''
+ atom.config 结构文件是PWmat软件支持的标准结构输入格式，可以通过Q-Studio建模工具构建模型并导出。登录Q-Studio,[[qflow:quickstart_gpu#对容器登录、上传下载|用 pwmat 登录容器]]
+<code>
+
+ LATTICE
+.00000000     2.71535000     2.71535000
+.71535000     0.00000000     2.71535000
+.71535000     2.71535000     0.00000000
+ POSITION
+     0.00000000     0.00000000     0.00000000 0 0 0
+     0.25000000     0.25000000     0.25000000 0 0 0
+</code>
+ * 参数文件 ''etot.input''
+ 除指定输入文件的名称外，不区分大小写；除首行外，其他行不区分顺序。阅读参数手册，https://www.pwmat.com/pwmat-resource/Manual.pdf
+<code>
+  1
+JOB = SCF
+IN.PSP1 = Si.SG15.PBE.UPF
+IN.ATOM = atom.config
+MP_N123 = 9 9 9 0 0 0
+</code>
+ * 赝势文件 ''*UPF''
+拷贝结构文件中各元素对应的赝势文件，推荐采用SG15模守恒赝势。赝势包可在PWmat的官网https://www.pwmat.com/potential-download 下载
+ * 脚本文件 ''slurm.sh''
+运行PWmat时，需要在PWmat后面加上-host参数，并在-host参数后加上config.json文件中的"IP"和“PORT”值；
+通过nvidia-smi命令查看机器上的GPU卡数来配置计算资源
+<code>
+#!/bin/sh
+#SBATCH --partition=gpu
+#SBATCH --job-name=tutorial_scf
+#SBATCH --nodes=1
+#SBATCH --ntasks-per-node=1
+#SBATCH --gres=gpu:1
+#SBATCH --gpus-per-task=1
+module load mkl mpi
+module load cuda/12.1
+module load pwmat/20260428
+which PWmat
+mpirun -np $SLURM_NPROCS PWmat -host 172.17.0.1 50001 | tee output
+</code>
+（2） 提交计算
+<code>
+sbatch slurm.sh
+</code>
+（3）查看计算状态
+<code>
+squeue
+</code>
+（4）查看计算结果
+输出文件含义查阅手册：https://www.pwmat.com/pwmat-resource/Manual.pdf
+后处理命令及使用方法：https://www.pwmat.com/utility-download
+* 查看版本号和计算报错信息，可通过''slurm_任务号.out''文件查看
+===== 3. 更多计算教程 =====
+（1）基础计算入门PPT教程：https://www.pwmat.com/Tutorials
+（2）常用参数详解：http://modulefiles.pwmat.com/#/
+（3）视频教程：https://space.bilibili.com/1965576887
+（4）高级模块性质计算教程：https://www.pwmat.com/module-download
-  - 准备计算输入文件(包含 etot.input参数文件，atom.config结构文件等)
-  - 准备提交脚本
-  - 提交作业 ''sbatch slurm.sh''
 ~~DISCUSSION:off~~

qflow/cmd.1783068536.txt.gz · 最后更改: 2026/07/03 16:48 由 fcm