龙讯旷腾 pwmat Wiki

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====== PWstudio 在命令行提交 ======

<wrap tip>
本篇适合已经比较熟悉命令行操作、想直接用 slurm 提交计算作业的用户；如果你更习惯用网页上的 Qflow 工作流拖拽界面来提交任务，可以不用看本篇，直接用浏览器操作即可。
</wrap>

===== 1. 登录终端 =====

 通过 ssh 终端 (常见的有 xshell, mobaxterm) 登录到容器里, [[pwstudio:quickstart_gpu#对容器登录、上传下载|用 pwmat 登录容器]]。如果你还不熟悉怎么用这类工具登录、以及怎么上传下载文件，可以先看这份新手教程：[[pwstudio:mobaxterm|MobaXterm 新手教程]]。

===== 2. 计算案例example01 =====

（1）准备输入文件

 * 结构文件 ''atom.config''

 atom.config 结构文件是PWmat软件支持的标准结构输入格式，可以通过Q-Studio建模工具构建模型并导出。登录Q-Studio,[[pwstudio:quickstart_gpu#对容器登录、上传下载|用 pwmat 登录容器]]

<code>
     2
 LATTICE
      0.00000000     2.71535000     2.71535000
      2.71535000     0.00000000     2.71535000
      2.71535000     2.71535000     0.00000000
 POSITION
  14     0.00000000     0.00000000     0.00000000 0 0 0
  14     0.25000000     0.25000000     0.25000000 0 0 0
</code>

 * 参数文件 ''etot.input''

 除指定输入文件的名称外，不区分大小写；除首行外，其他行不区分顺序。阅读参数手册，https://www.pwmat.com/pwmat-resource/Manual.pdf
<code>
1  1
JOB = SCF
IN.PSP1 = Si.SG15.PBE.UPF
IN.ATOM = atom.config
MP_N123 = 9 9 9 0 0 0
</code>

 * 赝势文件 ''*UPF''

拷贝结构文件中各元素对应的赝势文件，推荐采用SG15模守恒赝势。赝势包可在PWmat的官网https://www.pwmat.com/potential-download 下载

 * 脚本文件 ''slurm.sh''

运行PWmat时，需要在PWmat后面加上-host参数，并在-host参数后加上config.json文件中的"IP"和"PORT"值；

通过nvidia-smi命令查看机器上的GPU卡数来配置计算资源

<code>
#!/bin/sh
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --job-name=tutorial_scf
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --gpus-per-task=1

module load mkl mpi
module load cuda/12.1
module load pwmat/20260428

which PWmat

mpirun -np $SLURM_NPROCS PWmat -host 172.17.0.1 50001 | tee output

</code>

以上四个文件（''atom.config''、''etot.input''、赝势文件、''slurm.sh''）准备好之后，需要放在同一个目录下，才能下一步提交。

（2） 提交计算

在准备好上面四个文件的目录下，执行：

<code>
sbatch slurm.sh
</code>

执行后一般会提示类似 "Submitted batch job 123" 的信息，其中的数字就是本次提交的任务号，记下来方便后面查看状态和结果。

（3）查看计算状态

<code>
squeue
</code>

这条命令会列出当前排队和正在运行的任务列表，能在里面看到刚才提交的任务号，''ST'' 列的状态如果是 ''R'' 表示正在运行，''PD'' 表示排队等待中；如果任务已经跑完了，这里就不会再显示这条任务了。

（4）查看计算结果

输出文件含义查阅手册：https://www.pwmat.com/pwmat-resource/Manual.pdf

后处理命令及使用方法：https://www.pwmat.com/utility-download

* 查看版本号和计算报错信息，可通过''slurm_任务号.out''文件查看（把"任务号"替换成第 (2) 步提交后拿到的实际数字，比如任务号是 123，文件名就是 ''slurm_123.out''）

===== 3. 更多计算教程 =====

（1）基础计算入门PPT教程：https://www.pwmat.com/Tutorials

（2）常用参数详解：http://modulefiles.pwmat.com/#/

（3）视频教程：https://space.bilibili.com/1965576887

（4）高级模块性质计算教程：https://www.pwmat.com/module-download



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