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pwmat:pwmlff:example:nn:nn_ec

差别

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pwmat:pwmlff:example:nn:nn_ec [2024/02/05 06:57] – 创建 penggepwmat:pwmlff:example:nn:nn_ec [2026/07/30 04:09] (当前版本) – 外部编辑 127.0.0.1
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 +~~DISCUSSION:off~~
 ====== Molecure Ethylene carbonate system ====== ====== Molecure Ethylene carbonate system ======
  
行 30: 行 31:
  
 <code bash> <code bash>
-8  1   +8  1
 JOB = MD JOB = MD
 MD_DETAIL = 2 200 1 400 400 MD_DETAIL = 2 200 1 400 400
行 62: 行 63:
  
 <code json> <code json>
-{   +{
     "train_movement_file":["./EC_MOVEMENT"],     "train_movement_file":["./EC_MOVEMENT"],
  
行 113: 行 114:
     ├── forcefield     ├── forcefield
     │   ├── forcefield.ff     │   ├── forcefield.ff
-    │   ├── fread_dfeat             +    │   ├── fread_dfeat 
-    │   │   ├── data_scaler.txt            +    │   │   ├── data_scaler.txt 
-    │   │   ├── feat.info             +    │   │   ├── feat.info 
-    │   │   ├── vdw_fitB.ntype             +    │   │   ├── vdw_fitB.ntype 
-    │   │   └── Wij.txt      +    │   │   └── Wij.txt 
-    │   ├── input           +    │   ├── input 
-    │   │   ├── (egroup.in)  # 仅对MOVEMENT中存在ATOMIC ENERGY时起作用            +    │   │   ├── (egroup.in)  # 仅对MOVEMENT中存在ATOMIC ENERGY时起作用 
-    │   │   └── *feature.in      +    │   │   └── *feature.in 
-    │   └── (output)                     +    │   └── (output)
     │       └── grid*   # feature 1, 2时使用     │       └── grid*   # feature 1, 2时使用
     │     │
行 127: 行 128:
     │   ├── epoch_train.dat     # 每个 epoch 的训练误差     │   ├── epoch_train.dat     # 每个 epoch 的训练误差
     │   ├── epoch_valid.dat     # 每个 epoch 的验证误差     │   ├── epoch_valid.dat     # 每个 epoch 的验证误差
-    │   ├── iter_train.dat      # 每个 batch 的训练误差      +    │   ├── iter_train.dat      # 每个 batch 的训练误差 
-    │   ├── iter_valid.dat      # 每个 batch 的验证误差      +    │   ├── iter_valid.dat      # 每个 batch 的验证误差 
-    │   ├── nn_model.ckpt       # 模型文件   +    │   ├── nn_model.ckpt       # 模型文件
     │   └── scaler.pkl          # extracting scaler values of the model     │   └── scaler.pkl          # extracting scaler values of the model
 </code> </code>
行 204: 行 205:
 thermo          1 thermo          1
 dump            1 all custom 1 traj.xyz id type x y z  vx vy vz fx fy fz dump            1 all custom 1 traj.xyz id type x y z  vx vy vz fx fy fz
-run             1000 +run             1000
 </code> </code>
  
行 210: 行 211:
  
 <code json> <code json>
-{   +{
     "recover_train":false,     "recover_train":false,
     "work_dir":"./work_train_dir",     "work_dir":"./work_train_dir",
     "reserve_work_dir": false,     "reserve_work_dir": false,
-   +
     "train_movement_file":["./PWdata/MOVEMENT"],     "train_movement_file":["./PWdata/MOVEMENT"],
  
行 228: 行 229:
     "atom_type":[8,6,1],     "atom_type":[8,6,1],
     "feature_type":[7],     "feature_type":[7],
-    "max_neigh_num":100, +    "max_neigh_num":100,
     "model":{     "model":{
         "fitting_net": {         "fitting_net": {
行 234: 行 235:
         },         },
         "descriptor": {         "descriptor": {
-            "Rmax":6.0,  +            "Rmax":6.0, 
-            "Rmin":0.5,             +            "Rmin":0.5, 
-            +
             "1":{             "1":{
                 "numOf2bfeat": 24,                 "numOf2bfeat": 24,
行 286: 行 287:
     "optimizer":{     "optimizer":{
         "optimizer":"LKF",         "optimizer":"LKF",
-        "block_size":5120,  +        "block_size":5120, 
-        "kalman_lambda":0.98, +        "kalman_lambda":0.98,
         "kalman_nue":0.99870,         "kalman_nue":0.99870,
         "nselect":24,         "nselect":24,
         "groupsize":6,         "groupsize":6,
-        +
         "batch_size": 1,         "batch_size": 1,
         "epochs":5,         "epochs":5,
行 303: 行 304:
         "train_virial":false,         "train_virial":false,
         "train_egroup":false,         "train_egroup":false,
-    +
         "pre_fac_force":2.0,         "pre_fac_force":2.0,
-        "pre_fac_etot":1.0, +        "pre_fac_etot":1.0,
         "pre_fac_ei":1.0,         "pre_fac_ei":1.0,
-        "pre_fac_virial":1.0, +        "pre_fac_virial":1.0,
         "pre_fac_egroup":0.1         "pre_fac_egroup":0.1
-        +
         }         }
 } }
pwmat/pwmlff/example/nn/nn_ec.1707116263.txt.gz · 最后更改: 2024/02/05 06:57 由 pengge