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mstation:pwmat:pwmlffdemo

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mstation:pwmat:pwmlffdemo [2024/08/23 11:32] – 创建 penggemstation:pwmat:pwmlffdemo [2024/08/23 11:44] (当前版本) – pengge
行 36: 行 36:
  
 prepend-path PATH             $prefix/src prepend-path PATH             $prefix/src
-prepend-path LD_LIBRARY_PATH  $pwmlff_env/lib/python3.11/site-packages/torch/lib:$pwmlff_env/lib:$pwmlff/src/op/build/lib:$prefix/src+prepend-path LD_LIBRARY_PATH  $pwmlff_env/lib/python3.11/site-packages/torch/lib 
 +prepend-path LD_LIBRARY_PATH  $pwmlff_env/lib:$pwmlff/src/op/build/lib:$prefix/src
 </code> </code>
  
-<WRAP center round todo 10%> +=== /data/mod/pwmlff/2024.5 ===
-1. 许可文件必须是 pwmat.lic+
  
-2. -lic-path 后面的参数是 ''目录''+<code bash> 
 +#%Module#################################################### 
 +## modules modulefile
  
-<wrap indent>比如许可文件在 /opt/pwmat/pwmat.lic, 则 <wrap safety>-lic-path '/opt/pwmat'</wrap></wrap>+module load intel/2020 cuda/11.8
  
-3. 可以用相对路径+set    prefix    /data/app/PWMLFF-2024.5 
 +module-whatis "PWMLFF v2024.5" 
 +prepend-path PATH        $prefix/src/bin 
 +prepend-path PYTHONPATH  $prefix/src 
 +prepend-path LD_LIBRARY_PATH $prefix/src/op/build/lib 
 +</code>
  
-4. 目录可以不加引号+==== 脚本 ====
  
-</WRAP>+=== dp_cpu_lmps === 
 + 
 +<code bash> 
 +cat run_cpu.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=12 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=gpu 
 + 
 +export CUDA_VISIBLE_DEVICES="" 
 + 
 +module load conda/3-2024  cuda/11.8  intel/2020 
 + 
 +source /data/app/conda3/etc/profile.d/conda.sh 
 + 
 +conda activate pwmlff2024.5 
 + 
 +export PYTHONPATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src:$PYTHONPATH 
 +export PATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src/bin:$PATH 
 + 
 + 
 +export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$(python3 -c "import torch; print(torch.__path__[0])")/lib:$(dirname $(dirname $(which python3)))/lib:$(dirname $(dirname $(which PWMLFF)))/op/build/lib 
 + 
 + 
 +export PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$PATH 
 +export LD_LIBRARY_PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$LD_LIBRARY_PATH 
 + 
 +# use cpu 
 +mpirun -np 12 lmp_mpi -in in.lammps 
 +</code> 
 + 
 +=== dp_fortran_lmps === 
 + 
 +<code bash> 
 +cat run_cpu.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=12 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=gpu 
 + 
 +export CUDA_VISIBLE_DEVICES="" 
 + 
 +module load intel/2020 
 + 
 +export PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-0.1.0/lammps_neigh_mlff_20230508/src:$PATH 
 +#export LD_LIBRARY_PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$LD_LIBRARY_PATH 
 + 
 +# use cpu 
 +mpirun -np 12 lmp_mpi -in in.lammps 
 +</code> 
 + 
 +<code bash> 
 +cat run_cpu2.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=12 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=gpu 
 + 
 +export CUDA_VISIBLE_DEVICES="" 
 + 
 +module load intel/2020 lammps4pwmlff/0.1.0 
 + 
 +# use cpu 
 +mpirun -np 12 lmp_mpi -in in.lammps 
 +</code> 
 + 
 +=== dp_gpu_lmps === 
 + 
 +<code bash> 
 +cat run_gpu.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=4 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=gpu 
 + 
 +module load conda/3-2024  cuda/11.8  intel/2020 
 + 
 +source /data/app/conda3/etc/profile.d/conda.sh 
 + 
 +conda activate pwmlff2024.5 
 + 
 +export PYTHONPATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src:$PYTHONPATH 
 +export PATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src/bin:$PATH 
 + 
 + 
 +export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$(python3 -c "import torch; print(torch.__path__[0])")/lib:$(dirname $(dirname $(which python3)))/lib:$(dirname $(dirname $(which PWMLFF)))/op/build/lib 
 + 
 + 
 +export PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$PATH 
 +export LD_LIBRARY_PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$LD_LIBRARY_PATH 
 + 
 +mpirun -np 4 lmp_mpi_gpu -in in.lammps 
 +</code> 
 + 
 +<code bash> 
 +cat run_gpu2.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=4 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=gpu 
 + 
 +module load lammps4pwmlff/2024.5 
 + 
 +mpirun -np 4 lmp_mpi_gpu -in in.lammps 
 +</code> 
 + 
 +=== dp_train === 
 + 
 +<code bash> 
 +cat train.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=1 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=gpu 
 + 
 +module load conda/3-2024  cuda/11.8  intel/2020 
 + 
 +source /data/app/conda3/etc/profile.d/conda.sh 
 + 
 +conda activate pwmlff2024.5 
 + 
 +export PYTHONPATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src:$PYTHONPATH 
 +export PATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src/bin:$PATH 
 + 
 + 
 +PWMLFF train dp_cu.json 
 + 
 +PWMLFF test test.json 
 +</code> 
 + 
 +<code bash> 
 +cat train2.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=1 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=gpu 
 + 
 +module load conda/3-2024 pwmlff/2024.5 
 + 
 +source /data/app/conda3/etc/profile.d/conda.sh 
 + 
 +conda activate pwmlff2024.5 
 + 
 +PWMLFF train dp_cu.json 
 + 
 +PWMLFF test test.json 
 +</code> 
 + 
 +=== nn_train === 
 + 
 +<code bash> 
 +cat run.sh 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --partition=3090,3080ti,new3080ti,q4 
 +#SBATCH --job-name=mlff 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=1 
 +#SBATCH --gres=gpu:1 
 +#SBATCH --gpus-per-task=1 
 + 
 +source /share/app/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh 
 +conda activate PWMLFF 
 + 
 +module load pwmlff/2024.5 
 + 
 +PWMLFF train nn_ec.json 
 + 
 +PWMLFF test test.json 
 +</code> 
 + 
 +=== nep_lmps === 
 + 
 +<code bash> 
 +cat cpu/run_cpu.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=12 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=cpu 
 + 
 +#export CUDA_VISIBLE_DEVICES="" 
 + 
 +module load conda/3-2024  cuda/11.8  intel/2020 
 + 
 +source /data/app/conda3/etc/profile.d/conda.sh 
 + 
 +conda activate pwmlff2024.5 
 + 
 +export PYTHONPATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src:$PYTHONPATH 
 +export PATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src/bin:$PATH 
 + 
 + 
 +export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$(python3 -c "import torch; print(torch.__path__[0])")/lib:$(dirname $(dirname $(which python3)))/lib:$(dirname $(dirname $(which PWMLFF)))/op/build/lib 
 + 
 + 
 +export PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$PATH 
 +export LD_LIBRARY_PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$LD_LIBRARY_PATH 
 + 
 +# use cpu 
 +mpirun -np 12 lmp_mpi -in in.lammps 
 +</code> 
 + 
 +<code bash> 
 +cat gpu/run_gpu.job 
 +#!/bin/sh 
 +#SBATCH --job-name=hfo2nep 
 +#SBATCH --nodes=1 
 +#SBATCH --ntasks-per-node=4 
 +###SBATCH --gres=gpu:1 
 +##SBATCH --cpus-per-task=1 
 +#SBATCH --partition=gpu 
 + 
 +module load conda/3-2024  cuda/11.8  intel/2020 
 + 
 +source /data/app/conda3/etc/profile.d/conda.sh 
 + 
 +conda activate pwmlff2024.5 
 + 
 +export PYTHONPATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src:$PYTHONPATH 
 +export PATH=/data/app/PWMLFF2024.5/src/bin:$PATH 
 + 
 + 
 +export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$(python3 -c "import torch; print(torch.__path__[0])")/lib:$(dirname $(dirname $(which python3)))/lib:$(dirname $(dirname $(which PWMLFF)))/op/build/lib 
 + 
 + 
 +export PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$PATH 
 +export LD_LIBRARY_PATH=/data/app/Lammps_for_PWMLFF-2024.5/src:$LD_LIBRARY_PATH 
 + 
 +mpirun -np 4 lmp_mpi_gpu -in in.lammps 
 +</code>
mstation/pwmat/pwmlffdemo.1724383960.txt.gz · 最后更改: 2024/08/23 11:32 由 pengge