mcloud:cp2k

差别

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--- mcloud:cp2k [2024/01/23 18:03] – pengge
+++ mcloud:cp2k [2024/01/25 15:13] (当前版本) – pengge
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+{{htmlmetatags>metatag-robots=(index, follow)}}
 ====== mcloud 中 cp2k 使用 ======
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 singularity run --bind $PWD/H2O-32.inp:/opt/cp2k/data/H2O-32.inp /share/app/sif/cp2k_latest.sif mpiexec -genv OMP_NUM_THREADS=2 -np 3 cp2k H2O-32.inp
 </code>
+提交脚本
+<code bash>
+#!/bin/bash
+#SBATCH --partition=cpu
+#SBATCH --job-name=RPA
+#SBATCH --nodes=1
+#SBATCH --ntasks-per-node=2
+#SBATCH --cpus-per-task=32
+#SBATCH --output=%j.out
+#SBATCH --error=%j.err
+export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
+module load mpi
+mpirun -n $SLURM_NTASKS singularity exec --bind /data/home/pengge/playground/H2O-32.inp:/opt/cp2k/data/H2O-32.inp /share/app/sif/cp2k_latest.sif cp2k H2O-32.inp
+</code>
+singularity run mpiexec -np 与 mpirun -np singularity exec的区别
+   singularity run mpiexec -np不结合调度器，在单机中使用 singularity 运行作业，完全使用容器内部的 mpi 和软件。该方式可以不
+   需要在主机上安装 mpi，但无法多节点运行
+   mpirun -np singularity exec结合外部调度器和 mpi 在 singularity 中运行作业，结合主机上和容器内部的 mpi，可以实现跨节点的
+   容器作业调度。此种方式可以适用调度器进行调度，也可跨节点运行。用slurm进行作业提交时，将该命令放到提交脚本中
+   ref:
+   [1] https://docsv4.qingcloud.com/user_guide/compute/hpc/best-practices/sample3/
+   [2] https://docs.sylabs.io/guides/3.6/user-guide/mpi.html

mcloud/cp2k.1706004236.txt.gz · 最后更改: 2024/01/23 18:03 由 pengge