物质结构
晶体/表面结构搜索
仅知道化学组分不知道结构/高温高压的亚相/界面结构/吸附结构：
- CALYPSO: 粒子群算法进行结构搜索
- USPEX: 以进化算法为主，支持多种预测算法
提供PWmat接口
表面吸附（给定原子数）的金属团簇/分子（显式溶剂）/两种材料的界面：
- GA 基因遗传算法搜索表面的结构，常用于表面催化（自主研发）
无序结构（一）
- Disorder: 根据对称性产生不可约的无序掺杂构型，可助力高通量计算，可用于
比较不同位点的原子替换的能量（例如LPS固态电解质不同S的氧化）
随机移除原子某原子之后的能量变化（例如锂电池脱锂/注锂）
无序结构（二）
- ATAT: 根据SQS算法直接生成一个对关联能最低的结构
多元素、高浓度掺杂
实验测得同一位点可能由不同元素占据
无序结构（三）
- VCR(57): 用平均效应模拟整体性质
不使用超胞和元素替换，减少计算量
有时可以得到较好的晶格常数等性质
分子动力学数据处理（一）
- Rings(37): MOVEMENT转xyz再交给rings后处理
径向分布函数g®
均方位移（MSD）
结构因子S(q)以及相关中子散射/XRD结构
键长、键角、二面角、活性链/环等
分子动力学数据处理（二）
- PLUMED(48): 在基础的数据处理上，加上了元动力学辅助增强采样
基础：键长/键角/扭转，RMSD，自由能
引入偏置势能，提高集体变量的采样效率
自由能面，高效逃出局域最小，模拟含有小概率事件的MD
CIF文件转换与结构处理
- Cif2cell(9): cif转化为atom.config，从cif直接建立超胞/表面
cif文件与atom.config文件相互转化（但是得到的是原胞）
直接由cif建立超胞的atom.config
直接由cif建立表面的atom.config
